W suplementacji betainę HCL łączy się z enzymami trawiennymi, takimi jak pepsyna. Jej głównym zadaniem jest rozkładanie białek z pożywienia - na przykład tych zawartych w mięsie, jajkach, produktach mlecznych, orzechach i nasionach. Przyjmowanie pepsyny jest szczególnie ważne gdy żołądek nie jest w stanie uwalniać wystarczającej ilości enzymu w wyniku czego przetwarzanie białek zostaje zaburzone.